Mosia si satul Stiubieni au fost proprietatea lui Alexandru cel Bun in 1450, trecand in proprietatea lui Stefan cel Mare, in anul 1475 care o doneaza cu act de donatie Manastirii Putna.
Manastirea o are in proprietate si administrare pana in anul 1757, cand manastirea trece o data cu Bucovina la austrieci, iar mosia cu satul Stiubieni de azi, au trecut in proprietatea lui A. Pascaru. Acesta, maritand o fata cu Grigore Roznovanu, ii da drept zestre mosia Stiubieni, in intindere de 4000 falci (6000 ha). Murind Roznovanu, vaduva, proprietara mosiei, se recasatoreste cu Grigore Kogalniceanu, var drept cu Mihail Kogalniceanu, care a construit conacul, biserica si scoala din spatele caminului cultural (azi distrusa).
Primii locuitori au fost veniti din partile Bucovinei. Denumirea de Stiubieni se trage de la stiubeii (albine), prisaca care se afla la Treuci, azi via Vitelaru.
Sat, reşedinţa comunei cu acelaşi nume, situat pe Pârâul Başeu la cinci km vest, nord-vest de oraşul Săveni, cinci km sud de satul Drăguşeni, alipit la est de satul Chişcăreni, suburbie a oraşului Săveni.
Unul dintre satele foarte vechi din zonă, care a fost întărit de Alexandru voievod (1400-1432) lui Hodco Costici şi Lev, cum rezultă din documentul datat la 24 noiembrie 1492, când Ştefan voievod cumpără „… un sat anume Ştiubeiul, pe Başeu, pe amândouă părţile Başeului…, cu 250 zloţi tătăreşti…” de la nepoţii lui Hodco şi Lev, pe care îl întăreşte mănăstirii Putna.
Nepoţii şi strănepoţii lui Hodco Costici şi Lev, care vând satul lui Ştefan cel Mare şi Sfânt erau, la data documentului, nominalizaţi, 34, număr care sugerează faptul că satul avea caracter răzeşesc, iar pe de altă parte că satul era perceput ca foarte vechi. Documentul face menţiunea: „… din uricul bunicilor lor Hodco Costici postelnic şi Lev, şi din privilegiul pe care l-au avut ei de la bunicul nostru, Alexandru voievod…”. Astfel, satul a avut uric anterior domniei lui Alexandru voievod, de la care au primit doar privilegiu, întăritură asupra stăpânirii.
În 1492, după ce a cumpărat satul Ştiubieni, Ştefan voievod îl întăreşte mănăstirii Putna pentru că la 2 februarie 1503, acelaşi voievod întăreşte toate satele, moşiile şi alte privilegii date în stăpânirea mănăstirii Putna, începând de la 15 septembrie 1466 până la zi, în total 32 sate dăruite de voievod sau unii boieri.
Satul şi moşia Ştiubieni au rămas în stăpânirea mănăstirii Putna până la 6 aprilie 1792, când trec în stăpânirea lui Neculai Roset, mare logofăt „… moşiile Ştiubieni cu Petricani şi Pustiul…”.
Satul a avut, iniţial, caracter răzeşesc, a trecut în proprietatea domnului de la care trece în stăpânire mănăstirească şi apoi în stăpânire boierească, până la reformele agrare din secolele XIX şi XX.
Se pare că în perioada în care moşia Ştiubieni era în stăpânirea mănăstirii Putna satul s-a depopulat. În anul 1772, la Ştiubieni, sunt menţionate doar trei gospodării şi 25 străini slujitori ai armeanului Grigore Comănăceanu pentru ca în 1774 să fie menţionate nouă case la câşla lui Bogdan Comănăceanu, armean din Ţara Leşească, de la Ştiubieni. Moşia Ştiubieni era exploatată prin sistemul de arendă. În 1782 este menţionată siliştea Ştiubieni ca şi în 1741 pentru ca în 1820 să fie menţionat satul.
Satul Ştiubieni a cunoscut o dezvoltare accentuată în prima jumătate a secolului al XIX-lea, în stăpânirea Adelei (născută Cantacuzino), Paşcanu şi apoi Grigore Kogălniceanu.
În anul 1835 este fondată biserica „Sf. Voievozi Mihail şi Gavril” de către Neculai Rosetti-Roznovanu, care avea locuinţa şi la Ibăneşti şi fiul său Iordache, cu ziduri din cărămidă. În anul 1883 este construită clopotniţa, din cărămidă, la vest de biserică şi se acoperă biserica cu tablă. Pe Sfânta Masă se păstrează Sfânta Cruce cu inscripţia Maria N. Rosetti-Roznovanu, 1867.
În perioada 1973-1978 s-au făcut reparaţii capitale, care au constat în construirea unei noi biserici, adevărată catedrală, prin osteneala pr. Emilian Moruz şi cu sprijinul P. S. Adrian Hriţcu, fiu al satului, atunci arhiereu vicar al Mitropoliei Moldovei şi Sucevei.
Biserica din perioada 1973-1978 s-a construit în jurul bisericii vechi, care a fost apoi demolată şi scoasă din biserica nouă, care s-a sfinţit la 30 iulie 1978. Preoţi slujitori: V. I. Popovici, Adrian Popovici, Mihai Hudescu, Emilian Moruz, Ioan Grosu.
Şcoala din satul Ştiubieni şi-a început activitatea la 12 octombrie 1865, cu învăţătorul Dumitru Sârbu. Cât timp a funcţionat acesta nu ştim, dar la 12 decembrie 1868 înv. Ioan Mihăileanu de la şcoala Vorniceni cerea transfer la Ştiubieni, unde este menţionat ulterior. De la început şcoala a funcţionat în casele unor săteni: Gh. Cojocaru, Gavrileţ, Rariţa Merticaru. În anul 1893 se dă în folosinţă localul propriu, şcoala veche, cu înv. I. Rapciuc. În 1927 acest local este dărâmat iar şcoala funcţionează iarăşi în casele unor săteni. Din anul 1952 şcoala funcţionează în casa (conacul) Roznovanu-Kogălniceanu, până în anul 1970, când se dă în folosinţă şcoala nouă, localul în care funcţionează şi în prezent.
De la înfiinţare până în 1948 şcoala a funcţionat cu clasele I-IV (V), apoi cu clasele I-VII iar din 1964 cu clasele I-VIII şi apoi cu clasele I-X, din 1969.
La Ştiubieni a funcţionat şi o şcoală de horticultură.